El Ministerio de Vivienda Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente (MVOTMA) es el organismo ejecutor del Programa de Mejoramiento de Barrios. Es la entidad responsable de la definición e implementación de la política de hábitat en la que se enmarca el Programa de Mejoramiento de Barrios (MVOTMA-PMB).

El programa tiene una unidad ejecutora que se denomina Unidad de Coordinación del Programa (UCP). 
La UCP administra los fondos del programa, planifica y realiza el seguimiento de la cartera de asentamientos en condiciones de ser regularizados.
Apoya y supervisa a los subejecutores de los Proyectos de Mejoramiento Barrial y de Recuperación de Áreas Degradadas (componentes 1 y 2).
Evalúa y desarrolla las acciones de fortalecimiento necesarias para el mejor cumplimiento y desarrollo del proyecto (componente 3).
La planificación de la gestión se coordina con la Dirección General de Secretaría del MVOTMA e incluye la participación de otros organismos nacionales y departamentales, instituciones, empresas, organizaciones comunitarias y los pobladores de los barrios.

Los subejecutores del componente de Mejoramiento de Barrios son la Intendencias Departamentales.

El subejecutor del componente de Recuperación de Áreas Degradadas es el MVOTMA a través de la DINAVI.

Esquema general de Ejecución del Programa 2014-2019